<div dir="ltr">Hi Mark,<div><br></div><div>You are right. I just need access to the multi-series dataset and the vector image. However each series is not a 3D image. They are 11 2D-images of the same scene at different wavelengths.</div>
<div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>-Kedar</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jul 2, 2013 at 3:37 PM, Mark Hiner <span dir="ltr"><<a href="mailto:hinerm@gmail.com" target="_blank">hinerm@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div>Curtis - sorry, I actually did the @ encoding to extract specific series earlier today (<a href="https://github.com/scifio/scifio-itk-bridge/commit/3661b29b2faac4a71f5a625efc882010e84f4a23" target="_blank">here</a>) and replied by private e-mail.<br>


<br></div>Kedar can correct me if I'm wrong, but I don't think he explicitly needs Vector images types... he just wants the ability to convert a complete multi-series dataset, and VectorImages seemed to make the most sense to me.<br>


<br></div>You could convert each series in a dataset right now with the @ encoding, but in Kedar's use case (a 65GB .czi file) the entire image gets parsed each time a single series is read and written (of 580 total).. so the time requirements don't seem reasonable. Also, a new file is created for each series (although these could be consolidated with the <a href="http://www.itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1ImageSeriesReader.html" target="_blank">ImageSeriesReader</a> I think).<br>


<br></div>But even in Kedar's case where I believe all the 3D images are the same size, the creation of a VectorImage is not simple, because - from what I understand - it expects all the pixel 0 values, then all the pixel 1 values, etc... which is basically worst-case-scenario when getting data one series at a time from Bio-Formats (and piped back in arbitrary chunks with no concept of pixel delimitation, at that).<br>


<br>If there was an itk::image type that expects series to appear sequentially though, that would at least be a start..<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote"><div class="im">On Tue, Jul 2, 2013 at 2:10 PM, Curtis Rueden <span dir="ltr"><<a href="mailto:ctrueden@wisc.edu" target="_blank">ctrueden@wisc.edu</a>></span> wrote:<br>


</div><div><div class="h5"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><p dir="ltr">Hi Kedar,</p>
<p dir="ltr">Thanks for exercising the new code! I have a question, and a request. First, the latter: we just created a new SCIFIO mailing list (CCed). Can we please discuss these technical issues on the public list from now on? </p>




<p dir="ltr">And my question: can you describe your need for the Vector image type in a little more detail? From my (limited) perspective,  using an ITK vector image type to represent multiple N-D Image blocks, which may have differing dimensional extents, is fundamentally unworkable. Is there another way to accomplish your goals?</p>




<p dir="ltr">Regards,<br>
Curtis</p>
<p dir="ltr">P.S. I spoke with Mark this morning about a possible alternative approach for requesting specific Images (i.e. "series") from the SCIFIO ImageIO: encode it in the file path string somehow.<br>
</p><div><div>
<div class="gmail_quote">On Jul 2, 2013 1:24 PM, "Kedar Grama" <<a href="mailto:gbkedar@gmail.com" target="_blank">gbkedar@gmail.com</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div dir="ltr">Hi Mark,<div><br></div><div>Thanks for working on the vector image support through SCIFIO. I have shared a nrrd file with you on google docs. When I read it with the ITK-SCIFIO reader it switches the bit ordering LittleEndian/BigEndian whereas if I read it in Fiji or build ITK without SCIFIO it is read properly. To test this you can use the ITK reader example and write the image out as a tiff while building with/without SCIFIO.</div>




<div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>-Kedar</div></div>
</blockquote></div>
</div></div></blockquote></div></div></div><br></div>
</blockquote></div><br></div>