<div dir="ltr">Mike,<div><br></div><div>I added the following three lines of code to itkSCIFIOImageIOTest.cxx, right before the line "typedef itk::ImageFileWriter< ImageType > WriterType;":</div><div><br></div>
<div><div>reader->Update();</div><div>itk::ImageIOBase* io2 = reader->GetImageIO();</div><div>std::cout << "spacing: " << io2->GetSpacing(0) << " " << io2->GetSpacing(1) << " " << io2->GetSpacing(2) << std::endl;</div>
</div><div><br></div><div>And I run the following command with the same test image "sample_5.nrrd": </div><div><br></div><div>SCIFIOTestDriver.exe itkSCIFIOImageIOTest sample_5.nrrd aa.ome.tiff -w -d 3 -t float</div>
<div><br></div><div>the spacing output is different with and without "reader->SetImageIO( io );".</div><div><br></div><div>According to the ITK::ImageBase (<a href="http://www.itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1ImageBase.html#a2d92ff5736deb71ffd0f1e43201b4c96">http://www.itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1ImageBase.html#a2d92ff5736deb71ffd0f1e43201b4c96</a>), spacing is the size of a pixel in physical space.<br>
</div><div><br></div><div>Thanks for taking time looking into this.</div><div><br></div><div>Joe</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">
On Fri, Oct 25, 2013 at 10:36 AM, Mark Hiner <span dir="ltr"><<a href="mailto:hinerm@gmail.com" target="_blank">hinerm@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr"><div class="im"><div class="gmail_extra"><br><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote"> I also found the SCIFIO reader reports different 'Voxel sizes'<br>


</blockquote><br></div></div><div class="gmail_extra">Can you tell me what steps you used to check the voxel sizes with the ITK-SCIFIO plugin?<br><br></div><div class="gmail_extra">No need to make another thread, I will look into it when I get time.<br>


<br>Thanks!<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div class="gmail_extra">- Mark<br></div></font></span></div>
</blockquote></div><br></div>