<div dir="ltr">Hi Yu,<div><br></div><div><div>> In that case, there is already an entry in the issue tracker for this</div><div>> problem:</div><div>> </div><div>>   <a href="https://github.com/scifio/scifio-imageio/issues/17">https://github.com/scifio/scifio-imageio/issues/17</a></div></div><div><br></div><div>Actually, it looks like the issue above is regarding memory performance. You might want to file a new issue regarding time performance, if your research confirms that the culprit is the SCIFIO ImageIO component.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Curtis</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Dec 18, 2014 at 2:29 PM, Curtis Rueden <span dir="ltr"><<a href="mailto:ctrueden@wisc.edu" target="_blank">ctrueden@wisc.edu</a>></span> wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Yu,<span class=""><div><br></div><div><div>> But the problem is, the image loading time is so long! It takes almost</div><div>> 10 minutes to load a 2 Gigs svs image! Is this normal?</div></div><div><br></div></span><div>I would suggest trying to load your image in Fiji via the Bio-Formats Importer plugin:</div><div><br></div><div>  <a href="http://fiji.sc/Bio-Formats" target="_blank">http://fiji.sc/Bio-Formats</a></div><div><br></div><div>And see whether the load time is equivalent, or much faster.</div><div><br></div><div>If the load time is similar, then it is a limitation of Bio-Formats. In that case, you can file an issue with the Bio-Formats team:</div><div><br></div><div>  <a href="http://openmicroscopy.org/info/bio-formats/about/bug-reporting.html" target="_blank">http://openmicroscopy.org/info/bio-formats/about/bug-reporting.html</a><br></div><div><br></div><div>If the load time is much faster, then the problem is with the SCIFIO ImageIO plugin. In that case, there is already an entry in the issue tracker for this problem:</div><div><br></div><div>  <a href="https://github.com/scifio/scifio-imageio/issues/17" target="_blank">https://github.com/scifio/scifio-imageio/issues/17</a></div><div><br></div><div>Feel free to comment on the issue if you want to be notified of progress.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Curtis</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Mon, Dec 8, 2014 at 9:59 AM, Yu Zhou <span dir="ltr"><<a href="mailto:yxz949@case.edu" target="_blank">yxz949@case.edu</a>></span> wrote:</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div><div><div dir="ltr"><pre style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;padding:0px;font-size:large;color:rgb(0,0,0)">Hi folks,</pre><pre style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;padding:0px;font-size:large;color:rgb(0,0,0)"><br></pre><pre style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;padding:0px;font-size:large;color:rgb(0,0,0)">I am developing a pathology image analysis tool using ITK and Qt. In my program, I tried to use Bio-Formats to load big svs/TIFF images. I have successfully used itkSCIFIO and loaded a 20M image and did some image processing. But when I tried to load big images larger than 2 Gigs, I have to use streaming to avoid memory allocation error. But the problem is, the image loading time is so long! It takes almost 10 minutes to load a 2 Gigs svs image! Is this normal? Does anyone known how to solve this problem? Could you please give me some suggestion on it? Thank you so much!</pre><pre style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;padding:0px;font-size:large;color:rgb(0,0,0)"><br></pre><pre style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;padding:0px;font-size:large;color:rgb(0,0,0)">Yu</pre></div>
</div></div><br></div></div>_______________________________________________<br>
SCIFIO mailing list<br>
<a href="mailto:SCIFIO@scif.io" target="_blank">SCIFIO@scif.io</a><br>
<a href="http://scif.io/mailman/listinfo/scifio" target="_blank">http://scif.io/mailman/listinfo/scifio</a><br>
<br></blockquote></div></div>
</blockquote></div></div>