<div dir="ltr"><div><span style="font-size:12.8000001907349px">Hi,</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><span style="font-size:12.8000001907349px"><div><span style="font-size:12.8000001907349px">I have a .tif image with z-stacks of three channels (cropped version attached).</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">With Fiji I can see that the spacing is set correctly:</span></div>Voxel size: 0.0616x0.0616x0.1998 micron^3</span><br><div><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">If I do:</span></div><div><div style=""><span style="font-size:12.8000001907349px">./SCIFIOTestDriver itkSCIFIOImageIOTest /home/mmeuli/Bioimage/ITK/1-1.tif /home/mmeuli/Bioimage/ITK/test.ome.tiff -w -a -d 5</span></div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div></div><div style="font-size:12.8000001907349px">The spacing in test.ome.tiff is lost:</div><div style=""><span style="font-size:12.8000001907349px">Voxel size: 1x1x1 cm^3</span><br></div><div style=""><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div style=""><span style="font-size:12.8000001907349px">If I set the spacing with itk::ChangeInformationImageFilter the spacing is nicely set in itk but not written correctly to .ome.tiff or .tiff ...</span></div><div style=""><span style="font-size:12.8000001907349px">I've compiled ITK on 29th June with an up to date master-branch.</span></div><div style=""><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div style=""><span style="font-size:12.8000001907349px">No validation errors found:</span></div><div style=""><span style="font-size:12.8000001907349px"><div>mmeuli@mmeuli:~/Bioimage/Bio-Formats 5.1.2/bftools$ ./tiffcomment ../test.ome.tiff | ./xmlvalid</div><div>Parsing schema path</div><div><a href="http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2013-06/ome.xsd">http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2013-06/ome.xsd</a></div><div>Validating <stdin></div><div>No validation errors found.</div></span></div><div style=""><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div style=""><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div style="">Best regards</div><div style="">Michael</div><div style=""><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div style=""><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div></div>