
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hello,<div class=""><br class=""></div><div class="">In line with earlier posts on ome-users mailing list [1], I’m trying to find a convenient way to open large Micro-Manager stacks in Fiji (in particular, such stacks are split in several 4.2gb tif files because MM doesn’t handle bigtiff). My problem so far has been that Bio-formats is parsing all positions in a dataset even when opening a single one. Mark Tsuchida (MM’s developer) suggested that using SCIFIO might be a workaround [2].</div><div class=""><br class=""></div><div class="">I tried the following:</div><div class="">- File > Import > SCIFIO</div><div class="">This raises an exception and open an error dialog… You might want to fix this, unless it’s a fiji specific issue…</div><div class="">- File > Open after selecting “Use SCIFIO” in Options > ImageJ2</div><div class="">This successfully opens the file but it’s slower than the File > Import > BioFormats! Moreover it parses metadata for all positions in the dataset (even when they are saved to different files). I can’t understand this behaviour since there is no way to choose to open all related positions… In my opinion the appropriate behaviour would be: if the MM dataset is saved with all positions in the same stack (i.e. no “_Posxx.ome.tif” in the file name; possibly split in several .tif files) then open each position in a separate window, if the MM dataset is saved with positions in separate files (i.e. “_Posxx.ome.tif” found in the file name; again possibly split in several .tif files if a given position is larger than 4.2gb) then **<b class="">parse only**</b> and open only the selected position… This would really speed things up for stacks acquired in datasets with many positions (of a few large ones).</div><div class=""><br class=""></div><div class="">I hope that this makes sense and that the issue can be addressed.</div><div class="">Thanks for your help. Best,</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Thomas</div><div class=""><br class=""></div><div class="">[1] <a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/pipermail/ome-users/2015-March/005101.html" class="">http://lists.openmicroscopy.org.uk/pipermail/ome-users/2015-March/005101.html</a></div><div class="">[2] <a href="http://micro-manager.3463995.n2.nabble.com/BigTiff-support-tt7580735.html#a7585743" class="">http://micro-manager.3463995.n2.nabble.com/BigTiff-support-tt7580735.html#a7585743</a></div></body></html>