<div dir="ltr">Hi Thomas,<div><br></div><div>Thanks for the report. I filed an issue in the SCIFIO issue tracker with these details:</div><div><br></div><div><a href="https://github.com/scifio/scifio/issues/279">https://github.com/scifio/scifio/issues/279</a><br></div><div><br></div><div>Things are crazy busy until the ImageJ conference this September, but we will try to respond more thoroughly later this fall.</div><div><br></div><div>In the meantime, in case you didn't already know, the relevant source code is here:</div><div><a href="https://github.com/scifio/scifio/blob/scifio-0.24.0/src/main/java/io/scif/formats/MicromanagerFormat.java">https://github.com/scifio/scifio/blob/scifio-0.24.0/src/main/java/io/scif/formats/MicromanagerFormat.java</a></div><div><br></div><div>Be warned that SCIFIO is undergoing a substantial refactoring at the moment, to move away from plane-centric API toward a block-based one.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Curtis</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Aug 7, 2015 at 3:34 AM, Thomas Julou <span dir="ltr"><<a href="mailto:thomas.julou@normalesup.org" target="_blank">thomas.julou@normalesup.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hello,<div><br></div><div>In line with earlier posts on ome-users mailing list [1], I’m trying to find a convenient way to open large Micro-Manager stacks in Fiji (in particular, such stacks are split in several 4.2gb tif files because MM doesn’t handle bigtiff). My problem so far has been that Bio-formats is parsing all positions in a dataset even when opening a single one. Mark Tsuchida (MM’s developer) suggested that using SCIFIO might be a workaround [2].</div><div><br></div><div>I tried the following:</div><div>- File > Import > SCIFIO</div><div>This raises an exception and open an error dialog… You might want to fix this, unless it’s a fiji specific issue…</div><div>- File > Open after selecting “Use SCIFIO” in Options > ImageJ2</div><div>This successfully opens the file but it’s slower than the File > Import > BioFormats! Moreover it parses metadata for all positions in the dataset (even when they are saved to different files). I can’t understand this behaviour since there is no way to choose to open all related positions… In my opinion the appropriate behaviour would be: if the MM dataset is saved with all positions in the same stack (i.e. no “_Posxx.ome.tif” in the file name; possibly split in several .tif files) then open each position in a separate window, if the MM dataset is saved with positions in separate files (i.e. “_Posxx.ome.tif” found in the file name; again possibly split in several .tif files if a given position is larger than 4.2gb) then **<b>parse only**</b> and open only the selected position… This would really speed things up for stacks acquired in datasets with many positions (of a few large ones).</div><div><br></div><div>I hope that this makes sense and that the issue can be addressed.</div><div>Thanks for your help. Best,</div><div><br></div><div>Thomas</div><div><br></div><div>[1] <a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/pipermail/ome-users/2015-March/005101.html" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/pipermail/ome-users/2015-March/005101.html</a></div><div>[2] <a href="http://micro-manager.3463995.n2.nabble.com/BigTiff-support-tt7580735.html#a7585743" target="_blank">http://micro-manager.3463995.n2.nabble.com/BigTiff-support-tt7580735.html#a7585743</a></div></div><br>_______________________________________________<br>
SCIFIO mailing list<br>
<a href="mailto:SCIFIO@scif.io">SCIFIO@scif.io</a><br>
<a href="http://scif.io/mailman/listinfo/scifio" rel="noreferrer" target="_blank">http://scif.io/mailman/listinfo/scifio</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>